從1994年海南省試行“燃油費”到1999年全國人大通過《公路法》將燃油稅列入法律再到油價飛漲的2004年，燃油稅已經經歷了十個年頭的磨難遲遲不能推出。這樣一個既能增加政府財政收入，又能夠利用經濟杠桿來節約能源的政策如此難產的背后，一定是有著許多難以協調的問題和矛盾。
征收燃油稅對消費者生活影響不小
目前看來，征收燃油稅有無法繞過的幾大難點：
首先是中央政府與地方政府之間的利益博弈
按國家費改稅政策，燃油稅取代了原來歸地方財政所有的養路費、客運附加費、運管費等14項規費，其中養路費占80％。而費改稅后，進口油燃油稅全歸中央，地方油燃油稅中40％歸中央。目前50％的燃油靠進口的國情，即表明費改稅后歸地方的燃油稅僅占30％。如此一來，地方財政用以支付道路養護費用、以及維持交通基礎設施的可持續發展的資金就變得十分有限。同時，各地由地方政府籌資甚至是企業出資建設的高速公路、高等級公路一下子和國家投資的國道一樣取消收費，似乎也不太可行。
其次是公路部門和稅務部門之間的利益可能產生沖突
原來養路費的征收都是由各地公路部門征收，而燃油稅毫無疑問將由稅務部門進行征收。這樣的話，不僅公路部門少了一大塊養路費收入，而且公路部門收費人員的去向也是一大問題。據稱，2000年前后燃油稅推出功虧一簣，也與當時需要安置27萬路橋收費人員有很大關系。
第三是油價與稅率的關系
據說當年燃油稅方案是按照國際原油每桶15美元設計的，如今國際市場每桶50美元以上的高油價，已經使得燃油稅率的選擇余地非常小。按照中央的精神，征收燃油稅以不增加私車消費者的支出為宗旨，如果以50％的稅率征收，按照目前93號油約3.73元/升的價格，使用百公里油耗10升、一年跑2萬公里的私車，車主一年增加的燃油稅支出將是3700元左右，而減少的養路費支出大概在3000元左右，因此支出反而增加了。當然稅率太低又會失去杠桿調節功能并影響到國家的稅收。所以燃油稅率定在什么水平是個難點。
第四是征收環節的難題
從生產環節征收（也就是直接打在煉油廠的出廠油價里），會由于出廠油價相比國際油價貴而誘惑非法分子走私。從流通環節征收，全國十多萬個加油站要加裝稅控機并統一管理，成本巨大且容易產生腐敗和偷稅漏稅現象。
第五是征收對象的難題
我國的汽油約有20％、柴油約有80％是非車用油。因此，對于不上路的工業及農業生產等用油征稅，將造成非車用油成本大幅上升，只能導致產品價格上漲，或者國家出臺相應的退稅政策，而退稅金額如何測算、退稅如何能夠及時到位也是問題。同時，巨大的車用油與非車用油差價又可能會產生“油價雙軌制”，造成類似原來進口車許可證那樣的倒買倒賣。
第六是運營車輛的成本問題
開征燃油稅對于私家車是一個利好，但是對于靠“喝油”過活的長途客貨車、公交車、出租車主來說，將大大增加他們的運營成本。假設開征稅率為30％，燃油稅每升在1元以上，一輛百公里耗油10升的出租車每個月跑1.5萬公里，一年增加的油費支出就將近2萬元！
可以肯定，開征燃油稅會引發某些問題，但不開征問題更多。燃油稅早晚要上，必然會對涉及的方方面面產生有利或不利的影響。可以說，沒有一個方案可以完美地解決所有的問題，也沒有哪個部委或者總局能夠拍板燃油稅。從某種角度上說，燃油稅不是方案的問題，是決策的問題。
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